Die Räume der Dauerausstellung werden zwischen 2008 und 2009 grundlegend saniert. Unter dem Leitbild Ästhetik der Natur ist für den Zeitraum nach der Sanierung eine Neueinrichtung geplant, die sich an übergreifenden Phänomenen unserer Sinnes- und Lebenswelt orientiert.

Für einen attraktiven Neuanfang der Naturwissenschaftlichen Sammlung soll nach Abschluss der Sanierungsarbeiten ein inhaltliche und gestalterische Präsentation entstehen, die erstmals auf Querverbindungen zwischen den beiden Abteilungen Kunst und Natur abzielt. Ausgehend von den Besonderheiten der Wiesbadener Naturwissenschaftlichen Sammlung und den hier über fast zwei Jahrhunderte zusammengetragenen Exponaten ist unter dem Stichwort Asthetlk der Natur ein Konzept erarbeitet worden, das im Konzert der naturkundlichen Museen und Museumsabteilungen im Rhein-Main-Gebiet neue Akkorde anschlägt. Die klassische Gliederung der Naturwissenschaften in Geologie, Botanik, Zoologie etc. soll weitgehend aufgehoben werden. Im Mittelpunkt der Dauerausstellung werden stattdessen Begriffe und Phänomene aus der belebten und unbelebten Natur stehen, die von ganz unterschiedlicher Seite beleuchtet und erfahrbar gemacht werden. Nicht das enzyklopädische Auflisten, sondern das Aufzeigen universeller Prinzipien anhand von exemplarischen Beispielen ist zentrales Anliegen. Sechs Themen stehen im Mittelpunkt: